处理商事合同纠纷中的合同效力问题，通常分三步走：先判断合同整体属于有效、无效、效力待定还是可撤销；再单独审查争议解决条款（管辖、仲裁、违约金、结算清理条款）能否独立存续；最后按诉讼时效（一般3年）、撤销权行使期间（重大误解90日、欺诈胁迫1年）和管辖异议提出期限推进程序。管辖法院的确定顺序是：有效协议管辖优先，无约定则按被告住所地或合同履行地确定，专属管辖与级别管辖不得由当事人约定排除。
一、合同效力的四种状态与判断标准
《民法典》第一百四十三条规定了民事法律行为有效的三个条件：行为人具有相应的民事行为能力、意思表示真实、不违反法律行政法规的强制性规定且不违背公序良俗。据此，合同效力可归为四类：
- 有效：同时满足上述三要件。
- 无效：违反法律、行政法规的强制性规定（《民法典》第一百五十三条第一款）、违背公序良俗（同条第二款）、行为人与相对人恶意串通损害他人合法权益（第一百五十四条）、虚假意思表示（第一百四十六条）。
- 效力待定：限制民事行为能力人订立、无权代理等情形，经追认后有效（第一百四十五条、第一百七十一条）。
- 可撤销：重大误解、欺诈、胁迫、显失公平（第一百四十七条至第一百五十一条）。
需注意，可撤销合同在撤销前是有效的，只有当事人行使撤销权并经法院或仲裁机构确认，才自始没有法律约束力。合同被确认无效或被撤销后，依第一百五十七条处理：返还财产、不能返还的折价补偿、有过错一方赔偿对方损失，双方都有过错的各自承担相应责任。
举例说明（以下为常见情形的一般描述，非常见情形）：某贸易公司与供应商签订采购合同，约定以"明显低于市场价"的价格采购一批受国家限制流通的货物，若该交易违反行政法规的强制性规定，法院可能认定合同无效，已支付货款按第一百五十七条主张返还。
二、条款分层处理：哪些条款可以"独立存活"
合同整体无效，并不意味着所有条款一并失效。《民法典》第五百零七条明确规定，合同不生效、无效、被撤销或者终止的，不影响合同中有关解决争议方法的条款的效力。也就是说，管辖条款、仲裁条款、选择适用法律的条款可以独立存续。仲裁协议的独立性另有《仲裁法》第十九条确认。
此外还需分层审查三类条款：
- 格式条款：提供方未履行提示或说明义务，致使对方没有注意或理解与其有重大利害关系的条款，对方可主张该条款不成为合同内容（《民法典》第四百九十六条）；存在第四百九十七条情形的，条款无效。
- 免责条款：造成对方人身损害，或因故意、重大过失造成对方财产损失的免责条款无效（第五百零六条）。
- 违约金条款：约定违约金过分高于造成的损失，当事人可请求适当减少（第五百八十五条）。
《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民法典〉合同编通则若干问题的解释》对强制性规定的识别、公序良俗的认定、格式条款提示说明义务的履行标准等作了细化，实务中应一并检索适用。
三、必须守住的三个期限
诉讼时效：《民法典》第一百八十八条规定，向法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为3年，自权利人知道或应当知道权利受损害及义务人之日起计算，最长不超过20年。实务中多数法院认为，请求确认合同无效属于确认之诉，不适用诉讼时效；但基于合同无效产生的返还财产、折价补偿、赔偿损失请求权，属于给付之诉，适用3年时效。中断事由包括权利人提出履行请求、义务人同意履行、提起诉讼或申请仲裁（第一百九十五条）。
撤销权期间